La federazione fu costituita ufficialmente nel 1967 sulla spinta unitaria di larghi settori del protestantesimo italiano, avendo come membri effettivi battisti, luterani, metodisti e valdesi.
Attualmente si può dire che fanno parte della federazione quasi tutte le chiese "storiche" del protestantesimo italiano, più alcune denominazioni evangeliche di origine più recente. La Fcei opera attraverso una serie di "servizi", tra cui un servizio istruzione e educazione, un servizio rifugiati e migranti e un servizio stampa radio e tv.
Associazioni
Fondazione Silvano Andolfi
La Fondazione "Silvano Andolfi", è un Ente no-profit che nasce nel 1989 come spazio di studio e ricerca sulla famiglia, con particolare riguardo ai mutamenti socio-culturali che ne influenzano lo sviluppo. Negli ultimi anni, un'attenzione speciale si è rivolta ad interventi e ricerche sul fenomeno migratorio.
La Fondazione si avvale di equipe multidisciplinari e multiculturali ed in particolare coordina gruppi di mediatori culturali esperti nelle diverse aree di intervento: scuola, sanità, giustizia e servizi territoriali.
Fra le attività principali, da segnalare un servizio di sostegno psicologico gratuito ad individui, coppie e famiglie straniere in situazioni di difficoltà di adattamento connesse al fenomeno migratorio.
Importante è anche lo "Sportello di ricevimento al pubblico immigrato", all'interno del quale una equipe costituita da figure professionali esperte nel settore dell’immigrazione, prevalentemente mediatori culturali non italiani, offre supporto su tutte le problematiche inerenti la loro integrazione nel territorio nazionale.
Associazione centro Astalli – Jesuit refugee service/Italia


L'Associazione Centro Astalli (ONLUS) costituisce la sede italiana del Jesuit Refugee Service (JRS), il servizio dei Padri Gesuiti per i Rifugiati, presente in circa 50 Paesi del mondo e fondato nel 1980 da Padre Pedro Arrupe per dare una risposta concreta alla sofferenza dei rifugiati. Le attività del Centro, operativo dal 1981, sono indirizzate soprattutto a richiedenti asilo politico e rifugiati. Sono circa 50 milioni coloro che negli ultimi anni sono stati costretti a lasciare il proprio paese a causa di guerre, o che sfuggono da società in cui sono perseguitati perché appartenenti a una minoranza etnica o religiosa. Nelle sue diverse sedi territoriali, l'Associazione Centro Astalli vede ogni anno accedere ai propri servizi da 8.000 a 10.000 richiedenti asilo.